La ventajas, varias, simple de implementar, el transmisor puede ser un control remoto estándar y los componentes son muy baratos.
Por ejemplo, la línea de receptores infrarrojos de Vishay (una de las marcas mas usadas) ofrecen receptores con filtros pasa-bajos que minimizan la influencia de interferencias externas. En la mayoría de las normas de control remoto infrarrojo (Phillips, Sony, etc) utilizan una modulación tipo ASK, donde el estado activo es en realidad un conjunto de pulsos que el receptor presenta como un único pulso de valor logico activo (ver esta enlace para mas detalles aqui.
Mi sugerencia es no descartar la idea de realizar la idea con control infrarrojo aunque parezca demodé.
Algunos links interesantes
Para arduino, este sketch permite graficar el tren de pulsos que viene de un control remoto, es decir es mas bien un analizador de señal y para de ahí en mas seguir trabajando.
Otro proyecto bastante completo que sirve como receptor de comandos desde un control remoto Phillips norma RC5. El projecto esta aquí y se puede bajar el sketch.
Finalmente un proyecto de varios leds controlador por infrarrojo aqui.
Se me occurre que puede ser interesante extender la idea de los leds inteligentes, por ejemplo con receptores infrarrojos.